Có ba phân ngành đã được mô tả và công nhận:

• Pezizomycotina là phân ngành lớn nhất và gồm tất cả Ascomycota có ascocarp (quả thể), trừ một chi, Neolecta, thuộc Taphrinomycotina. Nó có thể xem tương đương với một đơn vị phân loại củ, Euascomycetes.
• Saccharomycotina gồm hầu hết nấm men "thực sự", như nấm men baker và Candida, những loại nấm đơn bào có thể sinh sản bằng cách nảy chồi. Đa số những loài này trước đó được xếp vào một nhóm gọi là Hemiascomycetes.
• Taphrinomycotina là một nhóm Ascomycota cơ sở được công nhận sau những nghiên cứu phân tử (ADN). Phân ngành này ban đầu có tên Archiascomycetes (hoặc Archaeascomycetes). Nó gồm cả nấm sợi (Neolecta, Taphrina, Archaeorhizomyces), nấm men sinh sản phân đôi (Schizosaccharomyces), và nấm ký sinh phổi động vật hữu nhũ (Pneumocystis).